O ano de 1996 trouxe um novo competidor: o Nintendo 64. Com seus gráficos 3D avançados, títulos como Super Mario 64 e o apoio de desenvolvedores renomados, o console da Nintendo acelerou ainda mais o declínio do Sega Saturn.
Enquanto Sony e Nintendo ditavam tendências com experiências tridimensionais acessíveis e memoráveis, a Sega sofria com o custo de produção do Saturn e a dificuldade de atrair desenvolvedores. Sucessos como Nights into Dreams e Panzer Dragoon Saga não foram suficientes para manter o sistema vivo no ocidente.
Em 1998, a Sega of America anunciou oficialmente o encerramento do suporte ao Saturn. O Japão manteve a produção por mais algum tempo, mas o console já estava esquecido no mercado global. A empresa voltava seus esforços para o Dreamcast, lançado no mesmo ano, tentando apagar o fracasso do passado.
O abandono do Saturn simbolizou uma quebra de confiança com os consumidores e desenvolvedores, e embora tenha deixado um legado cult, o console foi um dos principais motivos para a queda da Sega como fabricante de consoles. A batalha contra a Sony e a Nintendo, marcada por decisões apressadas e estratégias mal coordenadas, encerrou uma era de ouro.